Congés payés et arrêt maladie en 2026 : droits du salarié et obligations de l’employeur

Congés payés et arrêt maladie : pourquoi le sujet est important en 2026

Pendant longtemps, un arrêt maladie non professionnel ne permettait pas d’acquérir des congés payés. Ce n’est plus le cas.

Depuis le 24 avril 2024, un salarié en arrêt pour maladie ordinaire peut acquérir des congés payés. Cette évolution a un impact direct sur les compteurs de congés, les bulletins de paie, les soldes de tout compte et l’organisation RH de l’entreprise.

Pour l’employeur, le sujet n’est donc pas seulement juridique. Il est aussi très pratique : il faut savoir combien de jours ajouter, comment informer le salarié, combien de temps les congés peuvent être reportés et comment éviter une erreur lors d’un départ de l’entreprise.

Le salarié acquiert-il des congés pendant un arrêt maladie ?

Oui. En 2026, un salarié peut acquérir des congés payés pendant un arrêt maladie.

Mais le nombre de jours dépend de l’origine de l’arrêt :

• maladie ou accident non professionnel ;
• accident du travail ou maladie professionnelle.

Cette distinction est importante, car les droits acquis ne sont pas les mêmes. L’employeur doit donc bien qualifier l’absence dans son logiciel de paie et dans le suivi RH.

Une mauvaise qualification peut entraîner un compteur de congés incorrect, une indemnité compensatrice mal calculée ou une contestation du salarié.

Maladie non professionnelle : combien de jours sont acquis ?

En cas d’arrêt maladie d’origine non professionnelle, le salarié acquiert des congés payés dans la limite de 2 jours ouvrables par mois.

Cela représente un maximum de 24 jours ouvrables par période de référence complète.

À titre de comparaison, un salarié présent toute l’année acquiert généralement 2,5 jours ouvrables par mois, soit 30 jours ouvrables par an.

Exemple simple : si un salarié est en arrêt maladie ordinaire pendant 3 mois, il acquiert 6 jours ouvrables de congés payés au titre de cette période d’arrêt.

L’employeur doit donc distinguer les congés acquis pendant les périodes travaillées et ceux acquis pendant l’arrêt maladie.

Accident du travail ou maladie professionnelle : quelles règles ?

Les règles sont plus favorables lorsque l’arrêt est lié à un accident du travail ou à une maladie professionnelle.

Dans ce cas, l’absence est assimilée à du temps de travail effectif pour l’acquisition des congés payés. Le salarié acquiert donc 2,5 jours ouvrables par mois, soit jusqu’à 30 jours ouvrables sur une période de référence complète.

Depuis le 24 avril 2024, cette acquisition n’est plus limitée à la première année d’arrêt. C’est un point important pour les absences longues.

Là encore, le paramétrage paie doit être précis. Un arrêt professionnel ne doit pas être traité comme une maladie ordinaire.

Report des congés non pris : comment ça fonctionne ?

Un salarié qui n’a pas pu prendre ses congés en raison d’un arrêt maladie peut bénéficier d’un report.

La période de report est en principe de 15 mois. Un accord collectif peut prévoir une durée plus longue.

Ce report peut concerner :

• les congés que le salarié n’a pas pu prendre à cause de son arrêt ;
• les congés acquis pendant un arrêt couvrant toute la période de référence.

Le point de départ du délai dépend de la situation. Dans de nombreux cas, il commence lorsque l’employeur informe le salarié de ses droits après son retour.

C’est pour cela que l’information du salarié est essentielle. Sans suivi clair, l’entreprise peut perdre la maîtrise des délais.

Que doit faire l’employeur au retour du salarié ?

Au retour d’un arrêt maladie, l’employeur doit informer le salarié de ses droits à congés.

Cette information doit être donnée dans le mois suivant la reprise du travail. Elle doit préciser :

• le nombre de jours de congés payés dont le salarié bénéficie ;
• la date jusqu’à laquelle ces jours peuvent être pris.

Cette information peut être transmise par tout moyen permettant de prouver la date de réception. En pratique, elle peut notamment apparaître sur le bulletin de paie.

Pour l’entreprise, il est recommandé de garder une trace claire : bulletin, courrier, email ou document RH daté.

Quel impact sur la paie et le solde de tout compte ?

Les congés acquis pendant un arrêt maladie ont un impact direct sur la paie.

Ils modifient les compteurs de congés, l’indemnité de congés payés et éventuellement l’indemnité compensatrice de congés payés en cas de départ du salarié.

Lorsqu’un salarié quitte l’entreprise, l’employeur doit vérifier que tous les congés acquis, y compris pendant un arrêt maladie, ont bien été pris ou indemnisés.

C’est un point sensible dans les soldes de tout compte. Une erreur peut entraîner une régularisation, une réclamation ou un litige prud’homal.

Attention aux anciennes périodes d’arrêt maladie

La réforme a aussi prévu des règles rétroactives pour certains arrêts maladie passés.

Pour les salariés encore dans l’entreprise, le délai pour réclamer des congés liés à des arrêts maladie antérieurs était fixé jusqu’au 23 avril 2026. À la date du 7 juillet 2026, ce délai est donc expiré pour cette situation.

Pour les salariés ayant quitté l’entreprise, une demande d’indemnisation peut encore dépendre du délai de prescription applicable à partir de la rupture du contrat.

En cas de doute sur un ancien dossier, il vaut mieux vérifier la situation avant de répondre au salarié.

Les erreurs fréquentes à éviter

La première erreur consiste à ne pas créditer de congés pendant un arrêt maladie ordinaire. Depuis le 24 avril 2024, ce n’est plus correct.

La deuxième erreur est de créditer 2,5 jours par mois dans tous les cas. Pour une maladie non professionnelle, le droit est limité à 2 jours ouvrables par mois.

La troisième erreur est de ne pas distinguer maladie ordinaire et accident du travail ou maladie professionnelle.

La quatrième erreur concerne l’information du salarié au retour d’arrêt. L’employeur doit informer le salarié dans le mois suivant la reprise.

La cinquième erreur est de négliger le solde de tout compte. Les congés acquis pendant l’arrêt doivent être intégrés dans le calcul final.

Comment FINOOV peut sécuriser vos paies et vos obligations RH

La gestion des congés payés pendant un arrêt maladie demande un suivi précis. Il faut croiser droit du travail, paie, absences, convention collective et documents de fin de contrat.

FINOOV accompagne les employeurs dans le suivi des compteurs, le contrôle des bulletins de paie, la vérification des droits acquis et la sécurisation des soldes de tout compte.

L’objectif est simple : éviter les erreurs de paie, anticiper les régularisations et garder une gestion RH claire, même en cas d’absence longue ou répétée.